Zwykle nazwy enzymów pochodzą od chwili substratów przetwarzanych w środku reakcji czyli odkąd samej reakcji na wskroś nie obsługiwanych, do których dodaje się sufiks -aza. Przykładowo celulaza to ferment rozkładający celulozę, oraz ligaza DNA to ferment ligujący cząsteczki DNA. Często określenie jest dwuczłonowa, gdzie największej rangi jednostka określa reakcję, zaś inny jej substrat, np. dehydrogenaza alkoholowa. Stąd różne enzymy obsługujące takie same reakcje to znaczy przetwarzające te same substraty, nazywane izoenzymami, pomimo tego, że chemicznie są cząsteczkami o różnym składzie aminokwasowym także właściwościach, będą miały takie same nazwy. Czasami określenie enzymu nie pochodzi odkąd reakcji obsługiwanej do wnętrza warunkach fizjologicznych, in vivo, jednakże od czasu jego aktywności in vitro. Przykładem jest izomeraza glukozowa, wykazująca in vitro działanie izomeracji glukozy we fruktozę, toż in vivo będąca izomerazą ksylozową[76]. Także zamiast od momentu nazwy reakcji, enzymy są nieraz nazywane od czasu ogólnego procesu, kto przeprowadzają, jako np. gyraza DNA (właściwie topoizomeraza II), której określenie pochodzi od czasu greckiego słowa γύρος, to znaczy obracać również przyrostka -aza. Podczas przeprowadzanej reakcji ferment ten wiernie musi obrócić włókno DNA[77].
Z kolei niektóre cząsteczki biologiczne, nie bacząc na nazwy z przyrostkiem -aza, nie są enzymami innymi słowy definiowana na wskroś nazwę działanie nie jest aktywnością enzymatyczną. Przykładem są flipazy, których główna działanie przenoszenia lipidów pośrodku monowarstwami dwuwarstwy (proces flip-flop) nie jest aktywnością enzymatyczną (jest to sprawa sądowa fizyczny). Flipazy mogą posiadać mimo to funkcjonowanie enzymatyczną (np. ATPazową) związaną to znaczy nie z ich funkcją jak transporterów lipidów[78].
Duża proporcja enzymów jest nazywana zwyczajowo, historycznie, w charakterze np. pepsyna (nazwa pochodząca od chwili greckiego słowa pepsis oznaczającego trawienie, w środku języku polskim funkcjonuje też miano podpuszczka) oznacza to papaina (enzym z owocu papai). Nazwy niektórych enzymów powstały też na skroś dodanie przyrostka -zym (tego samego co wewnątrz słowie enzym) do ogólnej funkcji cząsteczki czy opisu, skrótu opisowego. Przykładami są lizozym (od lizujących właściwości wobec bakterii) to znaczy granzym (ang. granule-associated enzyme, czy enzym związany z ziarnistościami).
Enzymy restrykcyjne są nazywane według własnej nomenklatury. Ich określenie składa się z litery nazwy rodzajowej dodatkowo dwóch pierwszych liter nazwy gatunkowej mikroorganizmu-źródła enzymu, pisanymi kursywą, po których występują cyfry arabskie to znaczy litery oznaczających szczep mikroorganizmu. Nazwa zakończona jest cyfrą rzymską wskazującą, jak który w środku kolejności chronologicznej został wyodrębniony z danego organizmu wiadomy ferment restrykcyjny. Na przypadek EcoRI, to główny wyodrębniony ferment kurczowy z bakterii Escherichia coli, szczep RY13.
Część enzymów jest z kolei w wyższym stopniu znana przy skrótami pochodzącymi odkąd ich pełnych nazw, jako RuBisCO (właściwie karboksylaza oksygenaza rybulozo-1,5-bisfosforanu, w środku ang. ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase), czy też odkąd skrótu nazwy opisowej, w charakterze BACE2 (z ang. beta-site APP-cleaving enzyme 2, oznacza to enzym tnący prekursorowe proteina amyloidu 2).
W celu uregulowania plus ujednoznaczenia nazewnictwa enzymów, Komitet Nazewnictwa (ang. Nomenclature Committee) Międzynarodowej Unii Biochemii dodatkowo Biologii Molekularnej (ang. International Union of Biochemistry and Molecular Biology) w środku latach 1956-1972 opracował na rzecz nich nomenklaturę naukową - numer EC. Według niej, każdy z osobna ferment jest opisany na wskroś szereg czterech segmentów cyfr, oddzielonych od chwili siebie kropką, poprzedzonych literami "EC" (Enzyme Commission czy Enzyme Catalogue): EC x.xx.xx.xx.
Pierwsza symbol dzielą enzymy, według mechanizmu reakcji na wskroś nie katalizowanych, na szóstka głównych klas[79][80]:
Następne liczby numeru EC oddzielone kropkami klasyfikują wiadomy ferment dobrze do podklasy plus podpodklasy, z kolei ostatnia wartość określa obszar enzymu wewnątrz podpodklasie.
W nazewnictwie enzymów zaleca się stosowanie numeru EC, pomimo tego dopuszcza się stosowanie nazw zwyczajowych z przyrostkiem -aza, gdzie wiodący prym jednostka określa reakcję, natomiast pozostały jej substrat, i podobnie innych generalnie przyjętych nazw roboczych także zwyczajowych, co również jest regulowane stosownymi zaleceniami[81].