Koenzymy są małymi cząsteczkami organicznymi transportującymi grupy chemiczne pośrodku różnymi reakcjami (substratami)[53]. Na przypadek koenzymy nikotynamidowe, NAD+ innymi słowy NADP+, uczestniczą wewnątrz transporcie elektronów także protonów, grupy acetylowe przenoszone są wskroś koenzym A, grupy: formylowe, metylowe innymi słowy metylenowe przenoszone są z udziałem kwasu foliowego, zgrupowanie metylowa prawdopodobnie też egzystować przenoszona wskroś S-adenozylometioninę. Niektóre z koenzymów, takich jak: ryboflawina, tiamina dodatkowo kwas foliowy, są witaminami.
Ponieważ koenzymy podlegają zmianom chemicznym w środku wyniku działania enzymów, jest dozwolone je uważać jak specjalną klasę substratów (kosubstratów), czyli też substratów wtórnych, wspólnych na rzecz wielu różnych enzymów.
Stężenie koenzymów za
komórki jest utrzymywane na stałym poziomie za sprawą
ich ciągłej regeneracji na różnych szlakach biochemicznych. Np. NADPH jest regenerowany na szlaku pentozofosforanowym.